а куда эти файлы кидать(в какие конкретно папки) и подходят ли они для Multiclicer 2?

Чтобы не вдаваться в подробности, которые описаны в разделе "Инструкция по Multiclicker", просто нажмите пункт меню "Полезные файлы", там вы найдёте архив плагинов для Multiclicker 1 и архив так называемых сайтов для Multiclicker 2. Распакуйте плагины и перепешите в соответствующие программы. Плагины и сайты невзаимозаменяемы!

При работающей программе Multiclicer 1.5.1, в столбце "Status" у некоторвх PTC появилась следующая надпись "Stop-Modified script?" и естественно кликов не происходит и балланс на нуле. Не поскажите, в чем причина или как мне модифицировать "script".

Заранее спасибо за ответ.
Андрей

1)Такое явление может быть временным, если сайт временно не доступен. Надо подождать пока сайт снова начнёт работать.
2)Возможно устарел плагин по причине того, что структура сайта была модифицированна. Тут ничего не поделаешь: нужно или искать новую версию плагина, или писать плагин самому - но это отдельная тема (возможно скоро на этом сайте будут публикации на тему как писать плагины)